病虫防治由于采取了网纱防虫，在菠菜生育期主要以防治病害为主，可在播种前用48%乐斯本500倍液或90%敌百虫晶体1000倍液浇土。夏季菠菜易得茎腐病、炭疽病、霜霉病和病毒病等，可用大生、多菌灵、甲基托布津等7天喷1次，提前预防。若发生病害，茎腐病可用多菌灵、甲基托布津防治，炭疽病可用代森锰锌、清道夫防治，霜霉病可用安克锰锌、克露、杀毒矾防治，病毒病可用植病灵、病毒A、病毒K防治。虫害有美洲斑潜蝇、螨类、蚜虫等，可用乐斯本、虫螨光、吡虫啉等药剂防治。整个生育期每种药剂不超过2次，采收前7天即停止使用。